根据《中华人民共和国个人所得税法》及《房产税暂行条例》规定，商铺出租属于财产租赁所得，业主必须依法申报纳税。未按规定缴纳税款将面临补缴税款、滞纳金甚至罚款等法律后果。
个人出租商铺增值税征收率为5%（小规模纳税人），若月租金不超过15万元可享受免征优惠。一般纳税人需按9%税率缴纳。
按租金收入的12%征收，部分地区对个人出租非住房有优惠政策，如上海按租金收入6%征收。
按财产租赁所得项目征税，税率为20%。允许扣除合理费用后，按应纳税所得额计税。
包括城建税（增值税的7%）、教育费附加（增值税的3%）等地方附加税费。
可扣除项目包括：物业费、维修费（不超过租金20%）、房产税等，需保留合法凭证。
合理规划租金支付周期，可享受小规模纳税人免征增值税政策。
关注地方性税收优惠，如部分地区对小微企业、个体工商户有税收减免政策。
承租方性质不影响业主纳税义务，但企业承租时需代扣代缴个税，操作流程略有不同。
空置期间不产生租金收入，无需缴纳增值税、个税等，但可能仍需缴纳房产税（从价计征）。
二房东转租需就转租差价缴纳增值税，原租赁合同需明确税务责任划分。
建议商铺业主建立完整的租赁台账，保留相关票据凭证。对于多套商铺出租或高租金收入的业主，可考虑设立个体工商户或公司主体进行税务筹划。具体操作前建议咨询专业税务顾问。
注：本文所述政策依据现行法律法规，具体执行以当地税务机关要求为准。